国家も秩序も混沌とする時代。そんな荒廃したシティに、悪の組織・ダークマザー率いる浮遊古城が出現する。ダークマザーの頂点に君臨するファントムレディは、ナノメタルスキン強化システム（エンジェルシステム）を我ものにしようと企んでいた。そして、ダークマザー幹部であるクローエとイレーナにエンジェルブレイドを捕らえるべく、あやめの入院先である病院で待ちかまえるよう命じる。
　だがそこに現れたのは、エンジェルブレイドではなく、あやめの相棒であるエミリィ！クローエとイレーナを捕らえようとするエミリィだが、聖流を人質に取られ逆に捕まってしまう！その後エミリィはクローエとイレーナによって辱めの限りを受けてしまう・・・。その魔の手が、聖流にのびそうになったまさにその時・・・！正義の女神・エンジェルブレイドが現れた！